Mit dem Küstenschutz stellt sich gleichzeitig das Problem der Entwässerung, denn die natürlichen Abflüsse vom Hinterland ins Meer werden durch die Deichbauten blockiert. Deshalb bauten schon die Pioniere des Deichbaus um das Jahr 1000 Siele in die Deiche ein. Die ältesten Siele waren einfache Holzrohre mit einem Klappventil an der Außenseite. Bei Ebbe floss das Binnenwasser durch das Siel ins Watt. Die ansteigende Flut drückte dagegen die Sielklappe von außen zu und verschloss den Deich für eindringendes Seewasser.
Diesem Grundprinzip folgen die modernen Sielanlagen auch heute noch. Das Binnenland ist von einem dichten, im Gelände gut sichtbaren Grabennetz durchzogen. Das abfließende Wasser sammelt sich in den Tiefs und läuft bei Niedrigwasser durch die Siele ab.
Das austretende Wasser spült an den Sielen tiefe Rinnen ins Watt. Diese Fahrrinnen und der Anschluss an die schiffbaren Tiefs im Hinterland machten die Siele zu geeigneten Standorten für Sielhäfen. Um eine Durchfahrt durch das Siel zu ermöglichen, baute man seit dem 15. Jahrhundert Sieltore und tunnelartige Gewölbe. Kleine Schiffe konnten diese mit umgelegtem Mast durchqueren. Eine solche Anlage befindet sich am Carolinensieler Museumshafen.
Im 18. Jahrhundert begann man mit dem Bau offener Sielschleusen mit Klappbrücken (z. B. die Friedrichsschleuse von 1765). Diese konnten Schiffe mit stehenden Masten passieren. Moderne Anlagen wie das Harlesieler Schöpfwerk arbeiten mit großen Pumpen. Sie befördern das Binnenwasser nach außen, wenn bei Stürmen und Hochwasser der natürliche Sielzug nicht ausreicht.

Die Sielacht Wittmund ist für die Entwässerung von 20.000 ha Binnenland über das Siel- und Schöpfwerk Harlesiel zuständig. Sie ist heute eine Körperschaft des öffentlichen Rechts und soll bereits um 1616 als Selbsthilfeorganisation gegründet worden sein. Jeder Grundstückseigentümer im Niederschlagsgebiet der Harle ist Mitglied der Sielacht Wittmund. Die Geländehöhe liegt zum Großteil nur bei 1 Meter über dem Meeresspiegel. Die Siedlungsgebiete und Ländereien werden durch die Sielacht vor Binnenhochwasser geschützt

Offenes Siel und Klappbrücke an der Friedrichsschleuse
Das Schöpfwerk in Harlesiel von 1955

Entwässerung durch ein Sieltor